2009年2月23日至27日，中科院副院长李家洋率院士代表团到香港中文大学讲学访问。

2011年—2016年12月，担任农业部党组成员、副部长，中国农业科学院院长。

2011年5月，当选为美国国家科学院外籍院士。

2012年，当选为德国科学院院士。

2013年5月，入选欧洲分子生物学组织（EMBO）外籍成员。

2015年5月4日，李家洋当选英国皇家学会外籍会员。

2017年获国家自然科学奖一等奖。

2019年11月16日，李家洋当选国际欧亚科学院（中国）副主席。

2020年9月9日，担任中国农业科学院科学技术协会名誉主席。

李家洋利用模式植物探索植物内源激素与外界环境因子对高等植物生长发育的调控作用及其分子机理。（1）阐明了拟南芥植物生长素（吲哚乙酸，IAA）合成的直接前体物质主要来自色氨酸合成途径的中间产物：吲哚-3-甘油磷酸（IGP）。（2）系统鉴定和研究油菜素内酯的应答基因，发现油菜素内酯可通过通过诱导细胞周期蛋白基因的表达而促进细胞分裂，可在拟南芥细胞培养中替代细胞分裂素提出植物细胞内可能存在一条新的油菜素内酯信号转导途径的假说。（3）发展系统鉴定植物功能基因的植物表达文库转化法，分离了一批株型与育性等生长发育性状发生改变的拟南芥突变体，并克隆出相关基因。

2019年11月20日，中国农业科学院发布了10项能够充分代表2018年我国农业科技前沿研究水平、取得重大突破性进展的基础科学研究成果，其中包括：水稻理想株型基因提高产量与稻瘟病抗性。该研究由中国科学院遗传与发育生物学研究所李家洋院士团队和四川农业大学水稻研究所陈学伟团队主导，揭示了水稻理想株型主效基因既能提高水稻产量、又能增强对稻瘟病抗性的调控新机制，打破了单个基因不可能同时实现增产和抗病的传统观点，为高产高抗育种提供了重要理论基础和实际应用新途径。

2021年7月19日，双季早粳水稻新品种“中科发早粳1号”测产现场会在江西省上高县举行。200亩的示范田里，金色稻浪翻滚，在机插秧、人工插秧、直播和抛秧四种栽培模式下，“中科发早粳1号”均表现优异，不仅产量创出新高，而且在苗期抗冷、抗旱，成熟期抗穗发芽等农艺性状中表现突出。“这一新品种实现了我国双季早粳稻‘零的突破’，填补了双季早粳品种在我国水稻生产中的空白，这意味着，今后我们可以提前一个季度吃上好吃的新粳米了。”中国科学院院士、中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员李家洋满怀喜悦。中科院李家洋院士团队创制世界首例重新设计与快速驯化的四倍体水稻材料，2021年初，这一成果发表在科学期刊《细胞》上，被业界认为有望开辟一条野生植物驯化新路。

2022年4月，中科院遗传与发育生物学研究所李家洋团队的最新研究揭示了水稻穗重和穗数之间相互制约的分子机制，从而为打破这种制约关系提供了一种可行方法，为突破水稻产量瓶颈提供了新的遗传资源与研究思路。在此项最新研究中，团队创制出大量IPA1顺式调控区平铺删除的基因编辑材料，并从中发掘出了可以同时提高穗重和穗数的编辑材料IPA1-Pro10，该编辑材料还同时具有株高变高、茎秆和根系粗壮的表型。经田间小区测产鉴定，IPA1-Pro10与对照品种中花11相比能够增产15.9%。该研究还进一步阐明了IPA1顺式调控区调控穗部表型的分子机制。

2022年，李家洋院士团队在山东省东营市黄河三角洲盐碱地农业试验站开展盐碱地科研工作。

2023年，中国科学院遗传与发育生物学研究所李家洋院士团队在橡胶树驯化的遗传机制解析方面取得重大突破。研究论文“Genomic insight into domestication of rubber tree”已在国际主流杂志《自然-通讯》(Nature Communications)上发表。

Selected Peer-Reviewed Articles

Li J, Ou-Lee T M, Raba R, et al. Arabidopsis Flavonoid Mutants Are Hypersensitive to UV-B Irradiation[J]. The Plant Cell, 1993, 5(2):171-179.

Li J, Zhao J, Rose A B, et al. Arabidopsis Phosphoribosylanthranilate Isomerase: Molecular Genetic Analysis of Triplicate Tryptophan Pathway Genes[J]. The Plant Cell, 1995, 7(4):447-461.

Li, J. The Arabidopsis thaliana trp5 mutant has a feedback-resistant anthranilate synthase and elevated soluble tryptophan[J]. PLANT PHYSIOLOGY, 1996, 110(1):51-59.

Feng Q, Zhang Y, Hao P, Li J, et al. Sequence and analysis of rice chromosome 4[J]. Nature, 2002, 420(6913):316-320.

Li X, Qian Q, Fu Z, Li J, et al. Control of tillering in rice[J]. Nature, 2003, 422(6932):618-621.

Tian Z, Qian Q, Liu Q, Li J, et al. Allelic diversities in rice starch biosynthesis lead to a diverse array of rice eating and cooking qualities[J]. Proc Natl Acad Sci USA, 2009, 106(51):21760-21765.

Huang X, Qian Q, Liu Z, Li J, et al. Natural variation at the DEP1 locus enhances grain yield in rice[J]. NATURE GENETICS, 2009, 41(4):494-497.

Huang X, Kurata N,Li J, et al.A map of rice genome variation reveals the origin of cultivated rice[J]. Nature, 2012, 490(7421):497-501.

Jiang L, Liu X, Li J, et al. DWARF 53 acts as a repressor of strigolactone signalling in rice[J]. Nature, 2013, 504(7480):401-405.

Selected Invited Articles

Wang B and Li J (2019) Understanding the molecular bases of agronomic trait improvement in rice. Plant Cell. 31: 1416-1417.

Bai, S, Yu, H, Wang, B, and Li, J (2018). Retrospective and perspective of rice breeding in China. J Genet Genomics 45: 603-612.

Wang B, Smith SM and Li J (2018) Genetic Regulation of Shoot Architecture. Annu Rev Plant Biol 69: 437-468.

Li J (2016) Rice breeding: never off the table. Natl Sci Rev 3, 275.

Qian Q, Guo L, Smith SM, and Li J. (2016) Breeding high-yield superior-quality hybrid super-rice by rational design. Natl Sci Rev 3, 283-294.

Xiong G, Li J, and Smith SM. (2016) Evolution of strigolactone perception by seeds of parasitic plants – reinventing the wheel. Mol Plant 9, 493-495.

Smith S, and Li J (2014). Signalling and responses to strigolactones and karrikins. Curr Opin Plant Biol 21C, 23-29.

Zuo J, and Li J (2014). Molecular genetic dissection of quantitative trait loci regulating rice grain size. Annu Rev Genet 48, 99-118.

Zuo J and Li J (2013) Molecular Dissection of Complex Agronomic Traits of Rice: A Team Effort by Chinese Scientists in Recent Years. National Sci Rev.

Li J and Chua N-H (2011) A comprehensive understanding of plant growth and development. Curr Opin Plant Biol 14:1-3.

Wang Y and Li J (2011) Branching in rice. Curr Opin Plant Biol 14: 94-99.

Wang Y and Li J (2008). Rice, rising. Nat Genet 40, 1273-1275.

Wang Y and Li J (2008). Molecular basis of plant architecture. Annu Rev Plant Biol 59: 253-279.

Han B, Xue Y, Li J, Deng X, and Zhang Q (2007) Rice functional genomics research in China. Phil Trans R Soc B 362: 1009–102.

Wang Y and Li J (2006) Genes controlling plant architecture. Curr Opin Biotech 17: 123-129.

Wang Y, Xue Y and Li J (2005) Towards molecular breeding and improvement of rice in China. Trends Plant Sci 10: 610-614.

Selected Invited Book Chapters

Li J, Meng X, Li J, and Gao C (2019). Gene replacement by intron targeting with CRISPR-Cas9. Methods Mol Biol 1917, pp. 285-296.

Bai S, Smith SM, and Li J (2018). Rice Plant Architecture: Molecular Basis and Application in Breeding. In: Rice Genomics, Genetics and Breeding (Sasaki T, Ashikari M), Springer Singapore, pp. 129-154.

Li J, Li C, and Smith SM, eds (2017). Hormone Metabolism and Signaling in Plants. London, United Kingdom: ELSEVIER Academic Press. ISBN 978-0-12-811562-6.

Smith SM, Li C, Li J (2017). Hormone function in plants. In: Hormone Metabolism and Signaling in Plants (Li J, Li C, Smith SM), Academic Press Elsevier (London UK), pp, 1-38.

Wang B, Wang Y, Li J (2017). Strigolactones. In: Hormone Metabolism and Signaling in Plants (Li J, Li C, Smith SM) Academic Press Elsevier (London UK), pp. 327-359.

Jiang Z, Li J, Qu L (2017). Auxins. In: Hormone Metabolism and Signaling in Plants (Li J, Li C, Smith SM) Academic Press Elsevier (London UK), pp. 39-76.

Xiong G, Wang Y, Li J (2014) Action of strigolactones in plant. In The Enzymes. Vol 35 Signaling Pathways in Plants. (Machida Y, Lin C, Tamanoi F, Eds), Elsevier, pp. 57-84.

Sang T and Li J (2013) Molecular genetic basis of the domestication syndrome in cereals. In Cereal Genomics-II (Gupta PK, Varshney RK, eds), Springer Science pp. 319-340.

Yu Y, Wing RA and Li J (2013) Understanding genetic molecular basis of rice grain quality. In Genetics and Genomics of Rice(Zhang Q and Wing RA, eds), Springer New York Heidelberg Dordrecht London, pp. 237-254.

Wang Y and Li J (2012) Regulation of plant architecture. In Plant Physiology and Molecular Biology (Chen X, Xue H, eds), Higher Education Press, Beijing, pp. 418-432.

Wang Y, Chen M and Li J (2007) Rice. In Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol. 59 Transgenic Crops IV (E.C. Pua and M.R.Davey, eds), Springer-Verlag Berlin Heidelberg, pp. 35-54.

根据2019年10月，中国科学院遗传与发育生物学研究所网站显示，李家洋作为第一发明人的中国国内外专利如下：

李家洋对如何培养学生，有着独到的见解：有理想、有追求、为科学献身的精神，是李家洋对学生的最基本要求，也是最高要求。他指出首先应当培养学生的信念。做科研有三类人：第一类人具有追求真知的理想。事实上每个人在潜意识里都有对理想的追求，都想做一些别人做不到的事情，所以第一类人是可以被启发激励出来的。第二类人把科研当作自己谋生的饭碗，当作一份重要的工作来做。第三类人则是认为做科研显示了一种身份，是一种社会地位的象征。李家洋认为，研究生读书应当是奔着一个更高的目标去的，这个目标要高于仅仅找一个工作、谋一个饭碗，也要高于对社会身份和地位的追求。

李家洋鼓励学生有一个远大的目标；一个课题组要有团队精神；做科研必须要有锲而不舍的精神；要接受完整的训练。

2016年5月3日，李家洋参加中国科学院大学生命科学学院“科学前沿系列讲座”，于雁栖湖校区教二-105教室带来了题为《粮食安全的挑战与对策》的报告。

第十三届全国人大代表、常务委员会委员，第十三届全国人民代表大会农业与农村委员会副主任委员，第十四届全国政协常委、农业和农村委员会委员，第十八届中央委员会候补委员，中国遗传学会七、八届理事长，华南农业大学节水抗旱稻绿色产业研究院学术委员会委员。

2008年12月7日，在江苏省科协举办的科技报告会上，中科院副院长李家洋院士表示，现在很多人把转基因食品和有害食品画上等号，一看就不是很科学的，国外做了多年的转基因东西，没有发现有一例安全问题。相反基因生物将使得我国在水土、农业、化工的应用上打开一个新的局面。

李家洋院士说，尽管人类通过绿色革命增加了粮食产量，但是随着人口增加，新的粮食危机又开始威胁人类，世界又面临着新一轮的粮食短缺。

李家洋院士表示，而当旧的绿色革命出现局限的时候，开展新一轮的绿色革命就势在必行。新绿色革命实际上在1990年的时候就提出来了，就是希望通过开展“基因革命”，能够大规模或者大幅度地提高单位面积土地上的产出。

李家洋院士连打了几个比方，比如可以通过改变粮食作物的株型，让其光能利用效率高一点儿，产量就能提高，穗子更大；再比如说我国第一个基因工程农作物品种转基因的西红柿，它的优点就是耐储藏，如果没有这个转基因的话番茄可能放了几天就坏了。同时通过基因研究，还可以给植物加入新的特征，比如说抗寒。鱼里面有一个蛋白，是抗冷冻的，移动到植物里面去就变成了抗冷冻，抗盐碱。

关于“转基因大米上餐桌前需要做什么检验程序”，李家洋院士说，“对于消费者来说你什么都不需要做，因为它在销售之前该做的都做了。实际上我知道的现在已经做完了各种各样的实验，比如说做动物的实验，多少年来在大动物小动物身上都做了很多，所以到了消费者这里，实在是没有可做的了。”

2011年4月28日，李家洋表示：事实上，转基因方法也好，分子生物学也好，跟常规手段仅仅是一个方法学上的差异，没有任何本质的不同。

李家洋表示：如果把进口的大豆都用中国土地来种，按现在的亩产，中国需要再增加3亿－4亿亩土地，现在黑龙江省是2亿多亩土地。整个东北三省的土地才够种这些大豆。这显然是做不到的。所以我们要增加产量，要通过提高单产、适当增加大豆种植面积与进口来解决。现阶段适当进口也是合情合理，因为我们土地不允许完全自种。

被问及“基因污染、超级杂草”，李家洋表示：这都是目前人们的想象与担心，到目前为止还没有一例真正的事例报道出来。我只能这么说，人类的担心是有道理的，但是并不是所有担心都会变为现实。现在有人担心，转基因水稻是不是跟杂草结合之后更没法控制，这个问题可能有，但可能性很小。

2012年4月，李家洋表示，“要认真把握农业科技创新方向，做到“顶天立地”。“顶天”就是要达到国际农业科技前沿高峰，“立地”就是在农业科技产业化、农业生产应用过程中发挥关键作用。还要认真把握农业科技创新重点，大力加强农业基础研究，加快推进前沿技术研究，着力突破农业技术瓶颈。”

2012年12月，李家洋表示，尽管转基因技术等现代生物技术引起广泛关注，存在一些争议，但我国必须加大农业生物技术研究与产业化力度，借助现代农业生物技术，迅速突破当前农业发展中的重大瓶颈及发达国家的“科技要挟”，保障国家粮食安全和食品安全，提升国家农业现代化水平。

李家洋认为，2030年前后，我国人口将增加2亿以上，只能依靠农业生物技术保障未来16亿人口的粮食安全。

2015年11月，李家洋表示： “吃转基因食品，10年没问题，20年有没有问题？子孙后代有没有问题？这些问题是不了解科学的外行话。”李家洋笑称，“提出这个问题的人是把转基因和转人类混淆了，转人类是很难的，需要研究专门的方法技术。如果吃就能转变人类的基因的话，那我们吃了多少猪肉牛肉？”

2015年12月1日，李家洋在第二届国际农业基因组学大会上指出，基因组学作为生命科学领域蓬勃发展的新兴学科，在农业基础生物学研究中发挥着引领作用，同时也为生物种业的发展带来了新的机遇。

2017年4月12日，李家洋发布演讲：“我国农业面临着食品安全挑战，粮食生产追求更有效率地利用生产资源。”李家洋表示，培育“高产优质”型超级水稻新品种是育种学家长期奋斗的目标，但是传统育种进展缓慢。“目前我国水稻平均亩产400-500公斤，如果能达到800-900公斤，就能很好地解决中国粮食安全问题。”

2017年11月7日，李家洋表示：未来大米可个性化定制，不再只是主食。

2018年11月17日，李家洋接受记者采访时表示，目前各界对于转基因的误解和顾虑的形成，原因非常复杂，他认为没有必要对转基因技术抱有顾虑，而在消除争议和分歧上，可以有一些办法，比如提高相关主体的科学素养等。

被问及“水稻转基因为什么会引起大家那么大的误解”，李家洋说：“误解的原因很复杂，它是一个政治、经济、贸易、宗教和不同企业集团利益之间的事，我们国家还涉及到一个政府部门之间关系的方面，原因非常复杂。”

李家洋说：很多人连转基因是什么都不知道，就坚决反对，那也没办法，这涉及到一个科学素养的问题。科学素养不到那一步的时候，很难做到这一点。

被问及“怎样消除分歧”，李家洋说：我觉得这需要一个过程吧。这个过程中，一方面是能够使我们公众科学素养提高，然后政府做更多的引导，然后在管理上更加规范等。因为实际上，在转基因的科学技术上没有什么问题，实际上是管理上的各个方面的问题。

2020年12月，对于基因编辑和转基因的区别，中国科学院院士李家洋介绍，用写文章来打比方，编辑人员修改把关，把一大段插进去，这是转基因；而如果只是修改一个或少数字词，例如“作了‘重要’贡献”改成“作了‘卓越’贡献”，改了一个词，对文章结构没有影响，但是意义不一样，这就是基因编辑。

李家洋表示，通过修改基因中的一个碱基或者是一个氨基酸，大米就能从硬米变软米甚至变成糯米。

李家洋介绍说，人类传统的育种方式通过对农作物的驯化选择我们人类需要的基因，但是驯化过程很漫长；如果人类能够对各个基因进行精准的编辑改造的话，对任何一个野生的东西只要能用编辑技术都可以驯化它，这叫人工快速驯化。“过去要几千年上万年的驯化，现在几年就做完了，比较难做的也许是十年八年就能成功，总之是非常快速有效的。”

2013年11月9日，北京青年报发布澄清：10月31日该报10月31日A8版《支持转基因副部长被指受聘美国公司》一文，报道农业部副部长李家洋曾受聘杜邦公司国际生物技术咨询委员会成员一事，报道中援引的部分网上信息未经农业部及李家洋本人确认，给农业部及李家洋本人造成不良影响，编辑部深表歉意。

据北青报核实，2007年4月，李家洋以中国科学院遗传发育与生物学研究所研究员身份接受杜邦公司聘请，担任国际生物技术咨询委员会成员。该咨询委员会成员来自国际组织和不同国家的科研机构、大学，主要是为杜邦公司在生物技术研发方面提供一些咨询建议。此次受聘经中国科学院同意，委员会成员与杜邦公司不存在雇佣关系，也无工资薪酬。2011年11月，李家洋由中国科学院调任农业部副部长、中国农业科学院院长后，旋即于当年11月28日主动向杜邦公司提出辞去成员身份的要求，杜邦公司第二天就给予了确认。

北青报表示，李家洋副部长从未在任何场合说过“3-5年保证转基因大米占领13亿人的餐桌”，网上相关说法纯属捏造。

李家洋系统性地研究水稻特定性状的分子机制和采用新技术选育高产优质水稻新品种中的开创性贡献。（第三届未来科学大奖生命科学奖评）

李家洋及其团队在水稻分子设计育种研究领域取得了重要研究成果，引领了中国后基因组时代的水稻育种工作。（中国科学院遗传与发育生物学研究所评）

李家洋致力于水稻基因功能的研究，并成功地将研究结果应用到水稻育种中。（英国皇家学会评价）

2021年8月，入选2021年北京“最美科技工作者”名单。

2022年，获评首届种业科学家。

2022年1月18日，李家洋院士团队成果“异源四倍体野生水稻快速从头驯化”入选中国十大科技进展新闻。