该基地在二战期间于1942年美国遭受珍珠港袭击后所发起的全国总动员时期投入使用，称为锡代利亚滑翔机基地。1951年被转给战略空军司令部，改由中型或重型轰炸机使用——最早是 B-47。1955年，锡代利亚空军基地被更名为怀特曼空军基地，以纪念乔治·A·怀特曼少尉——一位锡代利亚居民和首位在二战中于1941年12月7日珍珠港袭击中丧生的美国飞行员之一。1961年6月 ，基地成为美国第四个民兵式战略导弹基地。民兵式战略导弹退役后，1993年，美军配备B-2幽灵隐形战略轰炸机的第509轰炸机联队进驻怀特曼空军基地，使该基地再次成为美国战略核力量的重要据点之一。

1999年5月7日，格林威治时间夜21时46分，从密苏里州怀特曼空军基地出发的一架美B一2轰炸机向中国驻南使馆投下5枚全球定位系统制导、全天候、各重2000磅的联合直接攻击弹药（JDAM），造成我驻南斯拉夫大使馆3人死亡，20多人受伤，馆舍严重毁坏。